5个病例教您破除不同病原体感染的「障眼法」

  • 日期:09-11
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内容来自同济大学附属东方医院举办的第二届“呼吸道与罕见疾病诊断与治疗肺病系统”。

NGS(下一代sequerencing)是下一代测序技术,也称为高通量测序,包括第二代大规模平行测序和三代单分子测序。通过平行测序,NGS一次是数十万到数百万个DNA的序列。

NGS的快速发展逐渐走向临床微生物学检测; NGS技术已应用于临床微生物学,如病原体鉴定,基因型抗性检测,菌株分型,流行病学追踪,疫情监测,临床标本宏基因组学研究等.NGS分析所有微生物的核酸序列,并通过核酸直接区分它们序列以快速检测已知或未知的病原微生物; 2014年8月,密苏里州和伊利诺伊州报告儿童严重呼吸道感染病例显着增加,CDC肠道病毒D68(EV-D68)感染很快通过高能测序确定。

NGS在临床微生物检测中的潜力是无限的。如果能够克服成本高,操作过程复杂,数据解释复杂,准确度低等问题,NGS将在临床微生物检测中发挥巨大作用,必将前景广阔,不断发展。它肯定会促进应用,并将有助于传染病。

目前,NGS技术主要用于临床微生物领域,具有以下几个方面:

NGS技术的不断发展正在将当前的医学模型推向新的精准医学模型。然而,虽然NGS技术的临床应用具有广阔的应用前景,但仍处于起步阶段,国内测序技术的临床应用标准尚不完善。当NGS广泛用于临床微生物学诊断时,仍存在许多挑战。

在现有的测序技术中,随机扩增是不可避免的。因此,找到特定的核酸就像在大海捞针一样。尽管测序深度可以部分地弥补这个缺点,但这将大大增加检测成本。

2.面对NGS获得的大量序列信息,如何对这些数据进行分类,存储,分析和利用已成为一个巨大的问题。

3.测序结果的分析远比PCR复杂,结果更容易受到各种因素的影响。有必要分析具体情况,以确保诊所的有效信息。

4.虽然NGS提供大量数据,但质量需要提高。

5. NGS在中国的临床应用尚处于起步阶段,相关应用标准尚不完善。

6.为了实现NGS的快速测序,有必要制备满足测序条件的样品。

7.相同的核酸序列并不完全意味着相同的表型。基因型和表型之间的不一致性也是测序结果分析中要考虑的因素。

再举一个例子

之前有一个病人。我怀疑他是中枢神经系统感染。它在临床方面肯定像病毒性脑炎,因此我请他对NGS进行全病毒测试。做NGS测试的公司说它只能做DNA。如果你想做RNA病毒逆转录,你需要使用两个标本,需要收集两块钱,然后将脑脊液标本分成两部分进行检测。滴眼镜:未发现病毒,一个样本中有20个鲍曼不动杆菌样本,另一个样本中有20万个鲍曼不动杆菌。

该患者最终通过病毒性脑炎治愈。因此,NGS必须有需要解决的问题。当然,它肯定会对我们有所帮助。

还有一些新的诊断技术

质谱:快速定性诊断和检测耐药基因;

胶体金流动免疫:快速定性诊断,可做半定量检测:如流感病毒,曲霉菌,念珠菌等;

mNGS:快速定性诊断和根据序列数推断可能的病原体的能力。

案例1

患者起病急,发高烧,畏寒,咳嗽,生锈,气短。

大脑肺炎的巩固告诉我们,通过成像,这名患者必须在肺炎链球菌中更常见。虽然肺炎克雷伯菌和军团菌也表现为大叶性肺炎,但相对可能性很小。

Lobar肺炎?肺功能不全?

需要注意大叶性肺炎和肺不张的鉴别,大叶性肺炎的边缘是模糊不规则的。但是,肺不张的边界非常清楚,如病变边缘清晰,病灶缩小,形状规则,如S形,不是大叶性肺炎,是肺不张,需要警惕肺部癌症。

案例2

患者干咳,喉咙痛2周;白细胞不高。

多个树芽

病变上叶,形状比较简单,结核病的可能性小;肺炎患者的芽征,支原体肺炎相对常见;与左侧相比,右侧支气管壁增厚;病变多,症状轻微,白细胞低;综合考虑,支原体肺炎。

典型的支原体肺炎影像学检查:常见于上肺或双肺,结节中心结节,树芽征,磨玻璃影,支气管壁增厚,病变进展,然后巩固。

参考2016年社区获得性肺炎指南,常见于支原体肺炎的芽,以及常见的支原体肺炎和病毒性肺炎。

案例3

男性患者,15岁,干咳,无发热。

同样是支原体肺炎,可以看出病变区域逐渐过度扩张,造成图像的大规模变化,因此非典型病原体感染的发病率也可能更高。

考虑到支原体肺炎,研磨玻璃正在发展并且症状是轻微的。如果是病毒性肺炎,它几乎总会发烧,疾病进展很快,呼吸困难。

非典型病原体→病变累及上叶和双侧。

案例4

?中年女性,高烧,咳嗽和痰多10天,伴有呼吸急促,偶有痰中带血。

首先进行抗感染治疗(头孢曲松和阿奇霉素)。治疗后,患者的咳嗽,咳嗽和发热没有好转,胸闷,哮喘加重,并转入医院。

转院后,确诊为重症肺炎,给予亚胺培南0.5静脉滴注(q8h) - 利奈唑胺600 mg静脉滴注(q12h)+氟康唑400 mg静脉滴注(qd)抗感染,无创机械通气及对症支持治疗。

入院后第7天患者病情明显加重。胸部CT显示两肺均有多个腔和固体变化。

结合痰培养和穿刺液培养,均为铜绿假单胞菌;患者没有误吸,厌氧菌的可能性较小;没有糖尿病,长期口服激素等免疫力低下,曲霉菌的可能性很小;综合考虑,诊断铜绿假单胞菌肺炎。

案例5

中年患者,术后使用甲基强的松龙,出现高烧,呼吸困难;

?体检:体温40度,脉搏97次/分钟。白细胞升高,主要是中性的。低钠血症。用哌拉西林他唑巴坦和万古霉素治疗没有改善。呼吸急促,气管插管,呼吸机治疗;

肺部CT显示肺部肺泡充盈有多个肺叶密度变化;

?发烧,呼吸困难,多发斑块,考虑肺部感染。

多个补丁

如何排除病原体?

疾病进展迅速,肿瘤和肺结核基本排除;激素的使用可能是曲霉菌,但曲霉菌比较少见,没有空腔,没有新月标志,没有支撑;莫西沙星治疗改善,排除;多肺,肺炎链球菌排除;疾病进展迅速,呼吸衰竭非常快,支原体的可能性很小。

寻找线索

1,患者的体温是40度,脉搏只有97次/分,很明显:脉搏比较慢!伤寒?与此不同,白细胞上升。哪种肺部感染会比较慢? →军团菌。

2,低钠血症患者,哪些肺部感染会发生低钠血症? →如果进食没有困难且没有使用利尿剂,军团菌可引起低钠血症。

3,患者用哌拉西林他唑巴坦,万古霉素治疗,无改善。哪种常见细菌对哌拉西林他唑巴坦无效? →军团菌,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌,支原体等。

4.万古霉素哪种常见细菌无效? →军团菌,支原体等,以及G-细菌。

5,2016年CAP指南,哪些细菌感染50%的患者会呼吸衰竭住在ICU? →军团菌。

患者的嗜肺军团菌血清型3抗体增加并逐渐增加4倍;莫西沙星治疗有效。

最终诊断:军团菌肺炎。

莫西沙星治疗后,肺部CT显示肺部质地增强,紊乱;肺影早期被明显吸收。

[评价]

传染病难以识别,病原体检测困难;不同的感染类型,危险因素和临床特征对病原体评估具有重要的参考意义;不同的影像学表现也是不同病原体感染的重要参考;思考对临床医生来说是最重要的。能力。

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资料来源:第二届“呼吸系统困难,浦江论坛罕见临床诊疗”

*本文由《呼吸界》编辑,感谢施毅教授的审查和修订!